برنامه ارتقای ظرفیت برای مجریان طرح کشاورزی پایدار از اواخر سال ۱۳۹۳ در دو استان آذربایجان غربی و شرقی اجرا شد. این برنامه در ابتدا با برگزاری نشست های تحلیلی و کارگاه های آموزشی برای شرکت های مجری آغاز شد، در ادامه بازخوردها نشان داد که نوع تعامل و هم سویی این شرکت ها با جهاد کشاورزی بر اثربخشی کار بسیار تأثیرگذار است. چرا که کارشناسان و مدیران جهاد کشاورزی دو استان، نقش نظارت، مشورت و راهنمایی را در قبال شرکت ها ایفا می کنند و عملکرد آن ها می تواند فضای کار شرکت ها را تسهیل یا مختل کند. از طرف دیگر، برخی از مدیران و کارشناسان جهاد خود طالب چنین آموزش هایی برای کارکنان شان بودند. از این رو، برنامه ای جداگانه برای ارتقای ظرفیت مدیران و کارکنان دولتی و ارگان های مرتبط با پروژه در رابطه با رویکرد و روش های مشارکتی در نظر گرفته شد.