با توجه به اینکه عمده منابع تامین کننده آب تالاب کانی برازان از دو محل ۸ شاخه فرعی رودخانه مهاباد ۲ زهکش های منتهی به تالاب( که از زمین های کشاورزی و فاضلاب های روستایی تغذیه میشود ) بوده، بنابراین نیاز مبرم به پایش و نظارت آب ورودی و خروجی تالاب میباشد.
بطور کلی رودخانه ها و زهکش ها از نظر کیفیت آب تامین کننده تالاب ها کیفیت نامناسبی دارند و به علت ورود منابع آلوده کننده آب از قبیل سموم شیمیایی باقیمانده کشاورزی ، فاضلاب های شهری و خانگی و پسماندهای دامی در وضعیت نامطلوبی قرار دارند، در این راستا تالاب کانی برازان مهاباد نیز دستخوش تغییراتی در عرصه آبی و زیست مندان آن شده است که رشد بی رویه جلبک بخشی از این اثرات میباشد . بنابر این جهت بهبود کیفت آب ورودی به تالاب می بایست اقدامات مدیریتی انجام میپذیرفت . بطوریکه راه های مختلفی مطالعه و مورد بررسی قرار گرفت و نهایتا احداث لاگون جهت تسویه و کاهش مواد مغذی (نیترات و فسفات) آب زهکش و رودخانه پیشنهاد گردید.