برنامه‌های مدیریتی برای تالاب‌ها شامل اقدامات لازم برای حفظ و بهبود عملکرد اقدامات برنامه‌ریزی شده در بلندمدت است. مدیریت طرح یا مدیریت پروژه، بحث ساختاری است و برای پروژه به‌عنوان یک سازمان و مجموعه فعال مطرح می‌شود؛ بنابراین نیاز است تا ساختار اجرایی و مدیریتی برای آن تعریف گردد. در ابتدای شکل‌گیری این پروژه، سندی برای آن تدوین‌شده که مشخص می‌کند پروژه بر اساس چه استراتژی‌هایی، چه‌کارهایی را انجام خواهد داد و خروجی مدنظر چیست. تاکنون (سال ۱۳۹۹) پروژه چند فاز مختلف را گذرانیده، به همین دلیل چندین سند مختلف پروژه برای آن در مقاطع مختلف تدوین‌شده است. اولین سند که قبل از شکل‌گیری پروژه برای آن تعریف و تدوین‌شده بود یک سند ۷ ساله (از سال ۲۰۰۵ تا ۲۰۱۲) بود که رویکرد زیست‌بومی داشت و سه پایلوت اصلی آن تالاب‌ شادگان، تالاب پریشان و دریاچه ارومیه بود.